Misi (Khiththah) Fakultas AGAMA ISLAM UISU adalah :
- Melaksanakan Catur Darma perguruan tingi di UISU untuk mengembangkan ilmu pengetahjhjhn dan dakwah islamiyah demi kesejahteraan Umat sesuai bidangnya masing-masing, ikut berperan membangun bangsa dan negara serta mempersiapkan sarjana sesuai kebutuhan masyarakat.
- Membentuk sarjana Agama Islam yang islami berkualitas,beriman,bertaqwa,berakhlak mulia,berilmu dan beramal shaleh serta memiliki kompetensi dalam bidang pendidikan Agama Islam dan dapat mengaplikasikan ilmunya dalam pembangunan umat,agama,bangsa,dan Negara Republik Indonesia yang adil berkemakmuran, makmur berkeadilan.